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    2. 首頁(yè) 園況介紹 科學(xué)研究 園林園藝 環(huán)境教育 黨建文化 紀(jì)檢監(jiān)察 信息公開(kāi) 簡(jiǎn)報(bào)年報(bào)
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      植物功能基因組研究組

      研究組介紹

       

      隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展以及組學(xué)數(shù)據(jù)的指數(shù)型增長(zhǎng),基于數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的植物分子設(shè)計(jì)育種已經(jīng)成為植物科學(xué)研究中一個(gè)重要的手段。本課題組以多組學(xué)測(cè)序技術(shù)/生物信息學(xué)作為基礎(chǔ)研究手段,以藥用植物、園藝植物等作為研究對(duì)象,探討植物生長(zhǎng)發(fā)育、環(huán)境應(yīng)答等過(guò)程中的遺傳信息傳遞、表達(dá)以及調(diào)控的分子機(jī)制。

      一、研究方向:

      1. 基于多組學(xué)測(cè)序技術(shù)的藥用植物、園藝植物關(guān)鍵經(jīng)濟(jì)性狀形成的調(diào)控分子機(jī)制解析;

      2. 藥用植物、園藝植物基因編輯技術(shù)的應(yīng)用。

      二、研究組成員

      姓名

      職務(wù)

      職稱/學(xué)位

      研究領(lǐng)域

      聯(lián)系方式

      黃銘坤

      研究組長(zhǎng)

      副研究員/博士

       植物功能基因組學(xué)、生物信息學(xué)、植物分子生物學(xué)、植物基因編輯

      huangmk@lsbg.cn

      張玲?

      研究組員

      副研究員/博士

      植物轉(zhuǎn)錄因子功能研究、植物基因編輯

      zhangl@lsbg.cn 

      楊華

      研究組員

      副研究員/博士

      合成生物學(xué)、功能基因組編輯、合成基因組學(xué)、植物基因組學(xué)

      hua.yang1@uq.net.au 

      胡玉芳?

      研究組員

      研究實(shí)習(xí)員/碩士

      藥用植物、園藝植物基因編輯 

      yufanghu163@163.com

      田淑云研究組員科研助理/碩士藥用植物代謝研究shuytian@163.com
      楊浪研究組員科研助理/碩士植物基因功能研究LangYang1124@Outlook.com
      熊盈研究組員科研助理/本科生物信息學(xué)2974692447@qq.com

      梁琦

      碩士研究生

      學(xué)生生物信息學(xué)

      liangqi0611@163.com

      呂興斌

      碩士研究生

      學(xué)生生物信息學(xué)

      Lv.Xingbin@outlook.com

      張志怡碩士研究生學(xué)生植物分子生物學(xué)與生物化學(xué)belief779@163.com



      研究組長(zhǎng)

      姓  名: 黃銘坤 研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 研究組長(zhǎng) 職  稱: 副研究員
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞農(nóng)業(yè)園科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: huangmk@lsbg.cn
      姓  名: 黃銘坤
      研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 研究組長(zhǎng)
      職  稱: 副研究員
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞農(nóng)業(yè)園科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: huangmk@lsbg.cn

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2012年9月-2016年1月 中國(guó)科學(xué)院華南植物園 博士

      2009年9月-2012年6月 華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 碩士

      2005年9月-2009年6月 華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 學(xué)士 

       

      工作經(jīng)歷:

      2022年1月-至今 江西省、中國(guó)科學(xué)院廬山植物園

      2018年3月-2021年12月 香港中文大學(xué)

      2016年3月-2018年2月 北京中藥研究所/北京諾禾致源生物科技公司

        

      研究領(lǐng)域:

      1. 植物功能基因組學(xué)、生物信息學(xué) (Dry lab);

      2. 植物分子生物學(xué)、植物基因編輯 (Wet lab); 


      承擔(dān)科研項(xiàng)目情況:

      1. 國(guó)家自然基金地區(qū)面上項(xiàng)目,主持

      2. 江西省高層次與緊缺型人才計(jì)劃項(xiàng)目,主持

      3. 江西省自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目,主持

      4. 廬山植物園專項(xiàng)基金,主持

      5. 香港中文大學(xué)優(yōu)秀博士后基金項(xiàng)目 (Impact Postdoctoral Fellowship Scheme of The Chinese University of Hong Kong) ,主持

      6. 香港AoE 項(xiàng)目 (Hong Kong Research Grants Council Area of Excellence Scheme, AoE/M-403/16),參與

      7. 香港羅桂祥基金項(xiàng)目 (Lo Kwee-Seong Biomedical Research Fund),參與

      8. 中國(guó)博士后創(chuàng)新計(jì)劃 (BX201600155) 基金項(xiàng)目,主持


      論文及論著:

      --2024--

      1. Huang, M.#, Hu, Y., Zhang, L., Yang, H., Feng, C., Jiang, C., Xie, N., Liu, D., Chen, S., Wang, J., et al. (2024). Decoding the chromatin accessibility in Andrographis paniculata genome, a case study of genome-wide investigation of the cis-regulatory elements in medicinal plants. Acta Pharm Sin B 14:4179-4182. 10.1016/j.apsb.2024.06.012.

      2. Jia, T., Yang, H., Zhou, D., Zhao, S., Wang, J., Zhang, T., Huang, M., Kong, D., and Liu, Y. (2024). Establishment of a Genetic Transformation and Gene Editing Method by Floral Dipping in Descurainia sophia. Plants (Basel) 1310.3390/plants13202833.

      3. Wang, J., Pu, Z., Zhang, W., Qu, M., Gao, L., Pan, W., Sun, Y., Fu, C., Zhang, L., Huang, M.#, Yufang Hu#. (2024). Identification of the New GmJAG1 Transcription Factor Binding Motifs Using DAP-Seq. Plants (Basel) 1310.3390/plants13121708.

      4. Yung, W.S., Wang, Q., Chan, L.Y., Wang, Z., Huang, M., Li, M.W., Wong, F.L., and Lam, H.M. (2024). DNA Hypomethylation Is One of the Epigenetic Mechanisms Involved in Salt-Stress Priming in Soybean Seedlings. Plant Cell Environ 10.1111/pce.15297.

      專利申請(qǐng)

      馮晨、黃銘坤、劉亞芳、張弋、張強(qiáng),2024,協(xié)同抑制乙酰膽堿酯酶的加蘭他敏組合物,發(fā)明專利,CN116570600B

      --2023--

      1. Huang, M#., Zhang, L., Yung, W.-S., Hu, Y., Wang, Z., Li, M.-W., and Lam, H.-M. (2023). Molecular evidence for enhancer–promoter interactions in light responses of soybean seedlings. Plant Physiol 10.1093/plphys/kiad487.

      2. Su, W., Zhu, C., Fan, Z., Huang, M., Lin, H., Chen, X., Deng, C., Chen, Y., Kou, Y., Tong, Z., et al. (2023). Comprehensive metabolome and transcriptome analyses demonstrate divergent anthocyanin and carotenoid accumulation in fruits of wild and cultivated loquats. Front Plant Sci 14:1285456. 10.3389/fpls.2023.1285456.

      3. Zhang, L., Yung, W.-S., Hu, Y., Wang, L., Sun, W., and Huang, M#. (2023). Establishment of a convenient ChIP-seq protocol for identification of the histone modification regions in the medicinal plant Andrographis paniculata. Medicinal Plant Biology 210.48130/MPB-2023-0006.

      4. Zhu, W., Huang, J., Huang, M., and Lu, P. (2023). ATAC-Me simultaneously decodes chromatin accessibility and DNA methylation. Trends Plant Sci 28:968-969. 10.1016/j.tplants.2023.05.013.

      --2022--

      1. Zhang L, Yung WS, Huang M# (2022) STARR-seq for high-throughput identification of plant enhancers. Trends Plant Sci 27(12):1296-1297

      2. Zhang L, Yung WS, Sun W, Li MW, Huang M# (2022) Genome-wide characterization of Nuclear Factor Y transcription factors in Fagopyrum tataricum. Physiol Plant: e13668

      3. Zhang L, Yung WS, Wang Z, Li MW, Huang M# (2022) Optimization of an Efficient Protoplast Transformation System for Transient Expression Analysis Using Leaves of Torenia fournieri. Plants (Basel) 11(16)

      4. Huang M, Zhang L, Zhou L, Yung WS, Wang Z, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li MW, Lam HM# (2022) Identification of the accessible chromatin regions in six tissues in the soybean. Genomics 114(3): 110364

      5. Wang G, Li X, Shen W, Li M-W, Huang M, Zhang J, Li H# (2022) The chromatin accessibility landscape of pistils and anthers in rice. Plant Physiol

      6. Wang Z, Huang C, Niu Y, Yung W-S, Xiao Z, Wong F-L, Huang M, Wang X, Man C-K, Sze C-C, Liu A, Wang Q, Chen Y, Liu S, Wu C, Liu L, Hou W, Han T, Li M-W, Lam H-M# (2022) QTL analyses of soybean root system architecture revealed genetic relationships with shoot-related traits. Theoretical and Applied Genetics 135(12): 4507-4522

      7. Xiao Z, Wang Q, Li M-W, Huang M, Wang Z, Xie M, Varshney RK, Nguyen HT, Chan T-F, Lam H-M# (2022) Wildsoydb DataHub: a platform for accessing soybean multiomic datasets across multiple reference genomes. Plant Physiol

      --2021--

      1. Huang M, Li MW, Lam HM# (2021) How noncoding open chromatin regions shape soybean domestication. Trends Plant Sci 26(9):876-878.

      2. Huang M, Zhang L, Zhou L, Wang M, Yung W-S, Wang Z, Duan S, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li M-W, Lam H-M# (2021) An expedient survey and characterization of the soybean JAGGED 1 (GmJAG1) transcription factor binding preference in the soybean genome by modified ChIPmentation on soybean protoplasts. Genomics 113(1): 344-355

      3. Huang M, Zhang L, Zhou LM, Yung WS, Li MW, Lam HM# (2021) Genomic Features of Open Chromatin Regions (OCRs) in Wild Soybean and Their Effects on Gene Expressions. Genes 12(5)

      4. Zhang L, Zhou L, Yung WS, Su W, Huang M# (2021) Ectopic expression of Torenia fournieri TCP8 and TCP13 alters the leaf and petal phenotypes in Arabidopsis thaliana. Physiol Plant

      5. Yung WS, Wang Q, Huang M, Wong FL, Liu A, Ng MS, Li KP, Sze CC, Li MW, Lam HM# (2021) Priming-induced alterations in histone modifications modulate transcriptional responses in soybean under salt stress. Plant J

      6. Wang G, Li X, Ye N, Huang M, Feng L, Li H, Zhang J# (2021) OsTPP1 regulates seed germination through the crosstalk with abscisic acid in rice. New Phytol

      --2021以前--

      1. Sun W, Leng L, Yin Q, Xu M, Huang M, Xu Z, Zhang Y, Yao H, Wang C, Xiong C, Chen S, Jiang C, Xie N, Zheng X, Wang Y, Song C, Peters RJ, Chen S# (2019) The genome of the medicinal plant Andrographis paniculata provides insight into the biosynthesis of the bioactive diterpenoid neoandrographolide. Plant J 97(5): 841-857

      2. Hu Y, Zhou L, Huang M, He X, Yang Y, Liu X, Li Y, Hou X# (2018) Gibberellins play an essential role in late embryogenesis of Arabidopsis. Nature Plants 4(5): 289-298

      3. Liu X, Hu P, Huang M, Tang Y, Li Y, Li L, Hou X# (2016) The NF-YC–RGL2 module integrates GA and ABA signalling to regulate seed germination in Arabidopsis. Nature Communications 7(1): 12768

      4. Huang M, Hu Y, Liu X, Li Y, Hou X# (2015) Arabidopsis LEAFY COTYLEDON1 controls cell fate determination during post-embryonic development. Front Plant Sci 6: 955

      5. Huang M, Hu Y, Liu X, Li Y, Hou X# (2015) Arabidopsis LEAFY COTYLEDON1 Mediates Postembryonic Development via Interacting with PHYTOCHROME-INTERACTING FACTOR4. Plant Cell 27(11): 3099-3111

      6. Huang M, Ma C, Yu R, Mu L, Hou J, Yu Y, Fan Y# (2015) Concurrent changes in methyl jasmonate emission and the expression of its biosynthesis-related genes in Cymbidium ensifolium flowers. Physiol Plant 153(4): 503-512


      研究組員

      姓  名: 張玲 研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 研究組員 職  稱: 副研究員
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞農(nóng)業(yè)園科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: zhangl@lsbg.cn
      姓  名: 張玲
      研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 研究組員
      職  稱: 副研究員
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞農(nóng)業(yè)園科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: zhangl@lsbg.cn

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2013年9月-2016年6月 華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 博士 園藝學(xué)院果樹(shù)學(xué)專業(yè)

      2009年9月-2012年6月 華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 碩士 園藝學(xué)院果樹(shù)學(xué)專業(yè)

      2005年9月-2009年6月 武漢科技學(xué)院 本科 生物工程專業(yè)

       

      工作經(jīng)歷:

      2021年7月-至今 江西省、中國(guó)科學(xué)院廬山植物園 副研究員 植物功能基因組學(xué)研究組

      2016年8月-2021年6月 深圳大學(xué) 博士后 生命與海洋科學(xué)學(xué)院植物表觀遺傳課題組

      2012年7月-2013年7月 華南植物園 研究助理 植物代謝課題組

       

      任職經(jīng)歷:

      2021年8月-至今 江西省、中國(guó)科學(xué)院廬山植物園 組員 植物功能基因組學(xué)研究組

       

      獲獎(jiǎng)及榮譽(yù):

      2014年5月 獲2013-2014學(xué)年度優(yōu)秀博士研究生二等獎(jiǎng)

      2016年5月 獲2015-2016學(xué)年度優(yōu)秀博士研究生一等獎(jiǎng)

       

      研究領(lǐng)域:

      植物轉(zhuǎn)錄因子功能研究;植物基因編輯;

       

      承擔(dān)科研項(xiàng)目情況:

      1. 江西省自然科學(xué)基金-青年基金項(xiàng)目,光照調(diào)控穿心蓮中穿心蓮內(nèi)酯積累的分子機(jī)制解析,2023/07-2025/06,主持;

      2. 中國(guó)科學(xué)院廬山植物園,廬山植物園專項(xiàng),園藝植物轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)及功能分析,2021/12-2023/12,主持;

      3. 國(guó)家自然科學(xué)基金-地區(qū)科學(xué)基金項(xiàng)目,基于 ATAC-seq 策略挖掘穿心蓮基因組中調(diào)控穿心蓮內(nèi)酯合成的增強(qiáng)子,2023/01-2026/12,參與;

      4. 江西省自然科學(xué)基金-面上項(xiàng)目,大豆光響應(yīng)增強(qiáng)子元件的鑒定和功能分析,2023/07-2025/06,參與。

       

      論文及論著:

      1. Huang M, Hu Y, Zhang L, Yang H, Feng C, Jiang C, Xie N, Liu D, Chen S, Wang J, Sun W*. Decoding the chromatin accessibility in Andrographis paniculata genome, a case study of genome-wide investigation of the cis-regulatory elements in medicinal plants. Acta Pharm Sin B. 2024, 14(9):4179-4182.

      2. Zhang L, Yung WS, Hu YF, Wang LP, Sun W, Huang MK*. Establishment of a convenient ChIP-seq protocol for identification of the histone modification regions in the medicinal plant Andrographis paniculata. Medicinal Plant Biology. 2023, 2:6.

      3. Huang MK, Zhang L, Yung WS, Hu Y, Wang Z, Li MW, Lam HM*. Molecular evidence for enhancer-promoter interactions in light responses of soybean seedlings. Plant Physiol. 2023, 193(4):2287-2291.

      4. Zhang L, Yung WS, Huang M*. STARR-seq for high-throughput identification of plant enhancers. Trends Plant Sci. 2022, 27(12):1296-1297.

      5. Zhang L, Yung WS, Wang Z, Li MW, Huang M*. Optimization of an Efficient Protoplast Transformation System for Transient Expression Analysis Using Leaves of Torenia fournieri. Plants (Basel). 2022, 11(16):2106.

      6. Zhang L, Yung W, Sun W, Li MW, Huang M*. Genome-wide characterization of nuclear factor Y transcription factors in Fagopyrum tataricum. Physiol Plant. 2022, 174(2):e13668.

      7. Huang M, Zhang L, Zhou L, Yung WS, Wang Z, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li MW, Lam HM*. Identification of the accessible chromatin regions in six tissues in the soybean. Genomics. 2022, 114(3):110364.

      8. Zhang L, Zhou L, Yung WS, Su W*, Huang M*. Ectopic expression of Torenia fournieri TCP8 and TCP13 alters the leaf and petal phenotypes in Arabidopsis thaliana. Physiol Plant. 2021, 173(3):856-866.

      9. Yu H#, Zhang L#, Wang W, Tian P, Wang W, Wang K, Gao Z, Liu S, Zhang Y, Irish VF, Huang T*. TCP5 controls leaf margin development by regulating the KNOX and BEL-like transcription factors in Arabidopsis. J Exp Bot. 2021, 72(5):1809-1821.

      10. Huang M, Zhang L, Zhou L, Wang M, Yung WS, Wang Z, Duan S, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li MW, Lam HM*. An expedient survey and characterization of the soybean JAGGED 1 (GmJAG1) transcription factor binding preference in the soybean genome by modified ChIPmentation on soybean protoplasts. Genomics. 2021, 113: 344-355.

      11. Huang M, Zhang L, Zhou LM, Yung WS, Li MW, Lam HM*. Genomic Features of Open Chromatin Regions (OCRs) in Wild Soybean and Their Effects on Gene Expressions. Genes. 2021, 12(5):640.

      12. Peng Z, Wang M, Zhang L, Jiang Y, Zhao C, Shahid MQ, Bai Y, Hao J, Peng J, Gao Y, Su W*, Yang X*EjRAV1/2 Delay Flowering Through Transcriptional Repression of EjFTs and EjSOC1s in Loquat. Frontiers in plant science, 2021, 12:816086.

      13. Su W, Jing Y, Lin S, Yue Z, Yang X, Xu J, Wu J, Zhang Z, Xia R, Zhu J, An N, Chen H, Hong Y, Yuan Y, Long T, Zhang L, Jiang Y, Liu Z, Zhang H, Gao Y, Liu Y, Lin H, Wang H, Yant L, Lin S*, Liu Z*. Polyploidy underlies co-option and diversification of biosynthetic triterpene pathways in the apple tribe. Proc Natl Acad Sci. 2021, 118(20):e2101767118.

      14. Jiang Y, Zhu Y, Zhang L, Su W, Peng J, Yang X, Song H, Gao Y*, Lin S*EjTFL1 genes promote growth but inhibit flower bud differentiation in loquat. Frontiers in plant science, 2020, 11.

      15. Zhang L, Jiang Y, Zhu Y, Su W, Long T, Huang T, Peng J, Yu H, Lin S*, Gao Y*. Functional Characterization of GI and CO Homologs from Eriobotrya deflexa Nakai forma koshunensis. Plant cell reports, 2019, 38(5): 533-543.

      16. Su W, Yuan Y, Zhang L, Jiang Y, Gan X, Bai Y, Peng J, Wu J, Liu Y*, Lin S*. Selection of the optimal reference genes for expression analyses in different materials of Eriobotrya japonica. Plant Methods, 2019, 15: 7.

      17. Jiang Y, Peng J, Zhu Y, Su W, Zhang L, Jing Y, Lin S, Gao Y*. The Role of EjSOC1s in Flower Initiation in Eriobotrya japonica. Frontiers in plant science, 2019, 10:253.

      18. Su W, Zhu Y, Zhang L, Yang X, Gao Y, Lin S*. The cellular physiology of loquat (Eriobotrya japonica Lindl.) fruit with a focus on how cell division and cell expansion processes contribute to pome morphogenesis. Scientia Horticulturae, 2017, 224: 142-149.

      19. Zhang L, Yu H, Lin S*, Gao Y*. Molecular Characterization of FT and FD Homologs from Eriobotrya deflexa Nakai forma koshunensis. Frontiers in plant science, 2016, 7.

      20. Zhou Y, Zhang L, Gui J, Dong F, Cheng S, Mei X, Zhang L, Li Y, Su X, Baldermann S, Watanabe N, Yang Z*. Molecular cloning and characterization of a short chain dehydrogenase showing activity with volatile compounds isolated from Camellia sinensis. Plant Molecular Biology Reporter, 2015, 33(2): 253-263.


      研究組員

      姓  名: 楊華 研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 研究組員 職  稱: 副研究員
      通訊地址: 江西省南昌市新建區(qū)溪霞現(xiàn)代農(nóng)業(yè)園廬山植物園南昌科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: hua.yang1@uq.net.au
      姓  名: 楊華
      研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 研究組員
      職  稱: 副研究員
      通訊地址: 江西省南昌市新建區(qū)溪霞現(xiàn)代農(nóng)業(yè)園廬山植物園南昌科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: hua.yang1@uq.net.au

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2014年10月-2019年11月 澳大利亞昆士蘭大學(xué) 生物學(xué) 博士 指導(dǎo)老師:Prof. Jacqueline Batley, Prof. Dave Edwards

      2011年9月-2014年7月 西北農(nóng)林科技大學(xué) 作物遺傳育種 碩士 指導(dǎo)老師:高翔 教 授

      2007年9月-2011年6月 西北農(nóng)林科技大學(xué) 種子科學(xué)與工程 學(xué)士

       

      工作經(jīng)歷:

      2023年12月-至今 江西省、中國(guó)科學(xué)院廬山植物園 副研究員

      2022年9月-2023年11月 深圳澳陽(yáng)生物科技有限公司 副總經(jīng)理

      2022年3月-2022年7月 中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院 合成生物學(xué)研究所 助理研究員

      2020年1月-2022年2月 中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院 合成生物學(xué)研究所 博士后 合作導(dǎo)師:戴俊彪(杰青)研究員

       

      獲獎(jiǎng)及榮譽(yù):

      深圳市海外高層次人才 C 類

      廣東省海外博士后人才支持項(xiàng)目

       

      研究領(lǐng)域:

      1. 合成生物學(xué)、功能基因組編輯、天然產(chǎn)物的異源表達(dá)系統(tǒng)的構(gòu)建、植物底盤生物的構(gòu)建。

      2. 合成基因組學(xué)、大片段基因組及染色體合成。

      3. 油菜抗病基因的發(fā)掘及油菜與真菌的互作。

      4. 植物基因組學(xué)。

       

      承擔(dān)科研項(xiàng)目情況:

      1. 中國(guó)博士后科學(xué)基金會(huì)面上項(xiàng)目,小立碗蘚合成端粒研究,主持

      2. 深圳合成生物學(xué)創(chuàng)新研究院主題項(xiàng)目,植物合成啟動(dòng)子與合成染色體的研究,參與

      3. Establishing Novel Breeding Methods for Canola Improvement,參與

      4. Towards effective control of blackleg of canola: Identification of novel sources of blackleg resistance genes,參與。

       

      論文及論著:

      1. Yang, H., N.S.M. Saad, M.I. Ibrahim, P.E. Bayer, T.X. Neik, A.A. Severn-Ellis, A. Pradhan, S. Tirnaz, D. Edwards, and J. Batley*, Candidate Rlm6 resistance genes against Leptosphaeria. maculans identified through a genome-wide association study in Brassica juncea (L.) Czern. Theoretical and Applied Genetics, 2021: 1-16.

      2. Yang, H., P.E. Bayer, S. Tirnaz, D. Edwards, and J. Batley*, Genome-Wide Identification and Evolution of Receptor-Like Kinases (RLKs) and Receptor like Proteins (RLPs) in Brassica juncea. Biology, 2021. 10(1): 1-24.

      3. Dolatabadian A., H. Yang, and J. Batley*. Case study for trait-related gene evolution: Disease resistance genes in Brassica napus. In: Liu S., Snowdon R. & Chaloub B. (eds) The Brassica napus genome. Springer. 2018.

      4. Tirnaz, S., P.E. Bayer, F. Inturrisi, F. Zhang, H. Yang, A. Dolatabadian, T.X. Neik, A. Severn-Ellis, D.A. Patel, M.I. Ibrahim, A. Pradhan, D. Edwards, and J. Batley*, Resistance gene analogs in the Brassicaceae: Identification, characterization, distribution, and evolution. Plant Physiology, 2020. 184(2): 909-922.

      5. Van de Wouw, A.P., Zhang, Y., Mohd Saad, N.S., Yang, H., Sheedy, E., Elliott, C.E., Batley, J. Molecular Markers for Identifying Resistance Genes in Brassica napus. Agronomy 2022, 12, 985.

      6. Chen S, Hayward A, Dey SS, Choudhary M, Witt Hmon KP, Inturrisi FC, Dolatabadian A, Neik TX, Yang H, Siddique KHM, Batley J, Cowling WA. Quantitative Trait Loci for Heat Stress Tolerance in Brassica rapa L. Are Distributed across the Genome and Occur in Diverse Genetic Groups, Flowering Phenologies and Morphotypes. Genes (Basel). 2022. 13(2):296.

      7. Inturrisi, F.#, P.E. Bayer#, H. Yang, S. Tirnaz, D. Edwards, and J. Batley*, Genome-wide identification and comparative analysis of resistance genes in Brassica juncea. Molecular Breeding, 2020. 40(8): 1-14.

      8. 楊華, 高翔*, 陳其皎, 趙萬(wàn)春*, 董劍, 李曉燕, 簇毛麥新型 HMW-GS 的序列分析及加工品質(zhì)效應(yīng)鑒定. 作物學(xué)報(bào), 2014. 40(4): 600-610.

      9. 董劍, 楊華, 趙萬(wàn)春*, 李曉燕, 陳其皎,高翔, 普通小麥中國(guó)春–簇毛麥易位系 T1DL· 1VS 和T1DS· 1VL 的農(nóng)藝和品質(zhì)特性. 作物學(xué)報(bào), 2013. 39(8): 1386-1390.


      研究組員

      姓  名: 胡玉芳 研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 研究組員 職  稱: 研究實(shí)習(xí)員
      通訊地址: 江西省南昌市新建區(qū)溪霞現(xiàn)代農(nóng)業(yè)園廬山植物園南昌科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: yufanghu163@163.com
      姓  名: 胡玉芳
      研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 研究組員
      職  稱: 研究實(shí)習(xí)員
      通訊地址: 江西省南昌市新建區(qū)溪霞現(xiàn)代農(nóng)業(yè)園廬山植物園南昌科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: yufanghu163@163.com

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2019年9月-2022年6月 福建農(nóng)林大學(xué) 碩士 生物學(xué)專業(yè)

      2015年9月-2019年6月 蘭州理工大學(xué) 本科 生物工程專業(yè)

       

      工作經(jīng)歷:

      2022年11月-至今 江西省中國(guó)科學(xué)院廬山植物園 研究實(shí)習(xí)員

        

      論文及論著:

      1. Huang, M., Hu, Y., Zhang, L., Yang, H., Feng, C., Jiang, C., Xie, N., Liu, D., Chen, S., Wang, J., & Sun, W. Decoding the chromatin accessibility in Andrographis paniculata genome, a case study of genome-wide investigation of the cis-regulatory elements in medicinal plants. Acta Pharmaceutica Sinica. B, 2024, 14, 4179 - 4182.

      2. Wang J, Pu Z, Zhang W, Qu M, Gao L, Pan W, Sun Y, Fu C, Zhang L, Huang M, Hu, Y#. Identification of the New GmJAG1 Transcription Factor Binding Motifs Using DAP-Seq. Plants. 2024; 13(12):1708.

      3. Huang M, Zhang L, Yung WS, Hu Y, Wang Z, Li MW, Lam HM. Molecular evidence for enhancer-promoter interactions in light responses of soybean seedlings. Plant Physiol. 2023, 193(4):2287-2291.

      4. Zhang, L., Yung, W., Hu, Y., Wang, L., Sun, W., & Huang, M. Establishment of a convenient ChIP-seq protocol for identification of the histone modification regions in the medicinal plant Andrographis paniculata. Medicinal Plant Biology, 2023.

      5. Wang Q, Yu G, Chen Z, Han J, Hu Y, Wang K*. Optimization of protoplast isolation, transformation and its application in sugarcane (Saccharum spontaneum L.). The Crop Journal, 2021, 9(1): 133-142.


      研究組員

      姓  名: 田淑云 研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 科研助理 職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞農(nóng)業(yè)園科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: shuytian@163.com
      姓  名: 田淑云
      研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 科研助理
      職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞農(nóng)業(yè)園科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: shuytian@163.com

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2020年9月-2023年6月 江西中醫(yī)藥大學(xué) 碩士 中藥學(xué)專業(yè)

      2014年9月-2018年6月 江西中醫(yī)藥大學(xué) 本科 制藥工程專業(yè)

       

      工作經(jīng)歷:

      2024年8月-至今 江西省、中國(guó)科學(xué)院廬山植物園 植物功能基因組 科研助理

      2023年7月-2024年7月 贛江中藥創(chuàng)新中心 質(zhì)量研究工程師 中藥質(zhì)量研究組

      2018年9月-2020年1月 江西省醫(yī)藥學(xué)校 教師 中醫(yī)藥系

       

      獲獎(jiǎng)及榮譽(yù):

      2023年6月獲2022-2023學(xué)年度省政府研究生獎(jiǎng)學(xué)金

      2023年6月被評(píng)為2023屆優(yōu)秀畢業(yè)研究生

       

      研究領(lǐng)域:

      藥用植物代謝研究

       

      論文及論著:

      1. Xu YQ, Tian SY, Li RQ, Huang XF, Li FQ, Ge F, Huang W, Zhou Y*. Transcriptome characterization and identification of molecular markers (SNP, SSR, and Indels) in the medicinal plant Sarcandra glabra spp. [J]. Biomed Res Int, 2021, 2021: 9990910.  

      2. Tian SY, Tang Q, Zhou ZW, Li FQ, Peng XY, Xu YQ*, Huang H*. The complete chloroplast genome sequences of two ornamental Epimedium species (Berberidaceae) [J]. Mitochondrial DNA B Resour, 2022, 7(5): 878-880.

      3. Tian S Y, Lv X, Li M, Tang Q, Huang H, Hu S, Li F, Xu Y Q*. Metabolomic and transcriptomic analysis of the flavonoid biosynthesis pathway in Epimedium sagittatum (Sieb. et Zucc.) Maxim. from distinct locations. Front Plant Sci. 2024, 15, 1424956.

      4. 田淑云, 廖朝華, 周紫薇, 唐琴, 李風(fēng)琴, 宋松平, 胡生福, 徐艷琴*. 植物代謝組學(xué)在藥材質(zhì)量評(píng)價(jià)中的研究進(jìn)展與展望 [J].藥學(xué)學(xué)報(bào), 2022, 57(06): 1734-1749.

      5. Wang C Y, Tian S Y, Tang Q, Zhou Z W, Peng X H, Cai X X, Xu Y Q*. Systematic quality evaluation of Epimedium wushanense T. S. Ying based on two quality control standards: total flavonoid glycosides and epimedin C [J]. Chem Biodivers, 2023, e202200579.

      6. 李仁清, 田淑云, 李風(fēng)琴, 葛菲, 宋松平, 胡生福, 徐艷琴*. 4種淫羊藿產(chǎn)量與質(zhì)量的動(dòng)態(tài)變化及最佳采收期研究 [J]. 時(shí)珍國(guó)醫(yī)國(guó)藥, 2022, 33(06): 1456-1462.


      研究組員

      姓  名: 楊浪 研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 科研助理 職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)示范區(qū)科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: LangYang1124@Outlook.com
      姓  名: 楊浪
      研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 科研助理
      職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)示范區(qū)科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: LangYang1124@Outlook.com

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2021年9月-2024年6月 南昌大學(xué) 碩士 動(dòng)物學(xué)專業(yè);

      2017年9月-2021年6月 三峽大學(xué) 本科 生物科學(xué)專業(yè);

       

      工作經(jīng)歷:

      2024年7月-至今 江西省、中國(guó)科學(xué)院廬山植物園 植物功能基因組 科研助理

       

      研究領(lǐng)域:

      水產(chǎn)貝類免疫/毒理研究(在研);植物基因功能研究。

       

      論文及論著:

      1. An J, Yang L, Hu Y, et al. Analysis of the immune function of Caspase-3 in Cristaria plicata. Fish Shellfish Immunol. 2023;143:109184.

      2. Feng M, Hu Y, Yang L, et al. GST-Mu of Cristaria plicata is regulated by Nrf2/Keap1 pathway in detoxification microcystin and has antioxidant function. Aquat Toxicol. 2023;263:106708.

      3. Wu J, Hou S, Yang L, et al. P62/SQSTM1 upregulates NQO1 transcription via Nrf2/Keap1a signaling pathway to resist microcystins-induced oxidative stress in freshwater mussel Cristaria plicata. Aquat Toxicol. 2023;255:106398.

      4. Wu J, Liu W, Hou S, Wang Y, Fang H, Luo S, Yang L, et al. Identification of Nrf2/Keap1 pathway and its transcriptional regulation of antioxidant genes after exposure to microcystins in freshwater mussel Cristaria plicata. Dev Comp Immunol. 2023; 141: 104629.


      研究組員

      姓  名: 熊盈 研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 科研助理 職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)示范區(qū)科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: 2974692447@qq.com
      姓  名: 熊盈
      研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 科研助理
      職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)示范區(qū)科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: 2974692447@qq.com

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2021年9月-2024年6月 湖南食品藥品職業(yè)學(xué)院

       

      工作經(jīng)歷:

      2024年12月-至今 江西省中國(guó)科學(xué)院廬山植物園 植物功能基因組 科研助理

      2023年7月-2024年6月 江西省中國(guó)科學(xué)院廬山植物園 植物功能基因組 實(shí)習(xí)生


      研究組員

      姓  名: 梁琦 研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 碩士研究生 職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞農(nóng)業(yè)園科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: liangqi0611@163.com
      姓  名: 梁琦
      研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 碩士研究生
      職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞農(nóng)業(yè)園科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: liangqi0611@163.com

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2023年9月-至今 南昌大學(xué) 碩士 植物學(xué)專業(yè) (聯(lián)合培養(yǎng))

      2019年9月-2023年6月 福建農(nóng)林大學(xué) 本科 林學(xué)專業(yè)。

       

      研究領(lǐng)域:

      生物信息學(xué)



      研究組員

      姓  名: 呂興斌 研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 碩士研究生 職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞農(nóng)業(yè)園科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: Lv.Xingbin@outlook.com
      姓  名: 呂興斌
      研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 碩士研究生
      職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞農(nóng)業(yè)園科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: Lv.Xingbin@outlook.com

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2023年9月-至今 江西中醫(yī)藥大學(xué) 碩士 中藥學(xué)專業(yè) (聯(lián)合培養(yǎng))

       

      研究領(lǐng)域:

      生物信息學(xué)

       

      論文及論著:

      1. Tian S, Lv X, Li M, Tang Q, Huang H, Hu S, Li F and Xu Y (2024) Metabolomic and transcriptomic analysis of the flavonoid biosynthesis pathway in Epimedium sagittatum (Sieb. et Zucc.) Maxim. from distinct locations. Front. Plant Sci. 15:1424956. doi: 10.3389/fpls.2024.1424956


      研究組員

      姓  名: 張志怡 研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 碩士研究生 職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)示范區(qū)科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: belief779@163.com
      姓  名: 張志怡
      研 究 組: 植物功能基因組研究組
      職  務(wù): 碩士研究生
      職  稱:
      通訊地址: 江西省南昌市溪霞鎮(zhèn)溪霞國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)示范區(qū)科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: belief779@163.com

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2024年9月-至今 南昌大學(xué) 碩士 生物化學(xué)與分子生物學(xué)專業(yè) (聯(lián)合培養(yǎng))

       

      研究領(lǐng)域:

      植物分子生物學(xué)與生物化學(xué);生物信息學(xué)


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